SLS indeholder en række oplysninger om de personer, der modtager løn fra lønsystemet. Institutioner, der bruger SLS, skal derfor være opmærksomme på reglerne i persondataloven.
Persondataloven indebærer bl.a., at personoplysninger skal behandles forsvarligt, og kun tilgås af personale med behov i forbindelse med konkret sagsbehandling.
Det betyder, at institutionerne skal have procedurer for brugen af SLS, herunder for, hvem der kan få adgang til at indtaste og behandle data i SLS, og hvem der kan få adgang til at læse oplysninger fra SLS. Det er også vigtigt at have procedurer for lukning af adgangen for medarbejdere, der er fratrådt eller flyttet til en anden funktion.
Med hensyn til information om brug af personaleoplysninger, fx løn, fravær og skat kan Moderniseringsstyrelsen henviser til Håndtering af persondata, der omhandler de oplysninger, som typisk indgår i en personalesag før, under og efter ansættelsen.
Loven indebærer også, at institutionen skal anmelde behandling af følsomme data til Datatilsynet. Det kan være tilfældet, hvis institutionen indeholder fagforenings-kontingent for de ansatte. De øvrige oplysninger i SLS er såkaldt almindelige ikke-følsomme oplysninger, som ikke medfører anmeldelsespligt.
På Datatilsynets hjemmeside, kan man anmelde behandling af følsomme data, og finde mere information om behandling af personoplysninger.