På momsområdet sikrer Statens Administration at toldmoms- og afgiftsbeløb afregnes til SKAT og at refusionsmoms afregnes med Økonomistyrelsen. Statens Administration har ansvaret for at sikre korrekt kontering af moms efter gældende lovgivning og efter kundens anvisning samt at sikre, at stamdata er oprettet med korrekt momsopsætning. I forbindelse med den månedlige regnskabserklæring udarbejdes en momssandsynliggørelse.
Statens Administration sikrer hjemsøgning af moms betalt i andre EU-lande med afsæt i gyldig dokumentation.
Herudover står Statens Administration til rådighed ved behov for løbende momsvejledning.